Réseaux d'expression génétique : in vivo, in vitro et in silico - REGivivis
Le réseau se réunit pour un séminaire, une fois par mois le mercredi à 12h30, dans le bâtiment 13 à Villejean.
Animateurs :
Olivier DAMERON (EA3888), Yann AUDIC (CNRS UMR 6061), Sandrine LAGARRIGUE (Inra/Agrocampus GARen)
Présentation :
Les techniques de biologie moléculaire « à haut débit » (transcriptome, protéome, ChIP on Chips, RIP on Chips, séquençage massivement parallèle...) génèrent des données en grand nombre et de complexité intrinsèque croissante. Il est donc nécessaire de disposer d'outils informatiques permettant aux biologistes de traiter ces données, de les mettre en relation les unes avec les autres, et enfin d'en extraire l'information pertinente. La bioinformatique est un domaine de recherche en plein développement dont l'un des objectifs principaux est d'apporter des solutions à ces problèmes récurrents. Dans ce cadre, il nous semble important de fédérer les réflexions et développements entrepris dans ce domaine et de promouvoir les échanges entre bioinformaticiens et biologistes moléculaires.
Le thème « Réseaux d'expression génétique : in vivo, in vitro et in silico » (REGivivis) s'intéresse aux différents éléments moléculaires constituant les réseaux d'expression génétique, et aux méthodes bioinformatiques et statistiques permettant de traiter ces éléments et leurs interactions.
L'approche proposée met l'accent sur la génération et l'intégration de différents types d'informations. Pour cela, elle regroupe des études de biologie moléculaire (parties in vivo et in vitro) et l'utilisation de techniques bioinformatiques et statistiques pour traiter et exploiter ces données (partie in silico).
Le thème REGivivis comporte trois volets :
Le premier porte sur la génération de données moléculaires liées à l'expression génétique : il s'agit de fédérer les équipes de biologistes moléculaires travaillant sur les différentes étapes de l'expression génétique (transcription et évènements post-transcriptionnels) et leurs régulations (Chromatin-IP et RNA-IP).
Le deuxième volet vise à l'utilisation des outils et ressources bioinformatiques actuels pour traiter les données générées dans le premier volet. Cependant, il faut noter que ces outils pris séparément sont encore perfectibles et qu'ils sont encore fragmentaires, dans le sens où l'intégration d'informations de natures différentes (données génomiques, transcriptomiques, concernant les réseaux de gènes, en lien avec des dysfonctionnements ou pathologies, ou encore présentant ou non des spécificités d'espèces ou données « trans-espèces ») repose encore essentiellement sur un traitement manuel.
Enfin, le troisième volet « recherche » porte sur le développement de nouvelles méthodes de traitement et d'intégration des données de la biologie moléculaire.
Les activités collaboratives programmées existantes, à ce jour, portent sur les eQTL, les récepteurs nucléaires et la régulation de la transcription, les réseaux de signalisation et d'expression de gènes en mitose, les techniques de classification multidimensionnelle, l'annotation fonctionnelle, les données biomédicales multi-sources dirigées par le contrôle de leur qualité, et enfin l'exploitation de données de bioinformatique complémentaires relatives à plusieurs espèces.
Quatre thèses sont co-dirigées (ou sujet déposé) entre biologistes et l' EA3888, l'IETR, l'Irisa ou l'IRMAR et des financements communs ont été obtenus (cancéropole grand-ouest, ANR, ACI IMPbio, BQR Université de Rennes1).