Protim

Un ensemble de technologies et d’expertises de pointe dédiées à l’analyse des protéomes et à l’imagerie par spectrométrie de masse MALDI.
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Protéomique - Spectrométrie de masse - Imagerie - Protéines - Identification, Caractérisation - Quantification - Localisation - Modifications post-traductionnelles - Peptides - Petites molécules - Toxicologie - Biomarqueurs - Santé - Nutrition - Cosmétique - Ingrédients

La plate-forme Protim propose aux laboratoires académiques et privés son expertise scientifique et technique dans l’analyse des protéomes, depuis l´identification stricto sensu de protéines, jusqu'à la prise en charge complète de programmes protéomiques de grande ampleur et dans l’imagerie par spectrométrie de masse MALDI.

Protim développe des approches de protéomique intégrative et protéogénomique pour l’extraction d’informations biologiques pertinentes à partir de jeux de données de protéomique à grande échelle sur des échantillons complexes.

La plate-forme développe également des solutions innovantes en imagerie par spectrométrie de masse MALDI pour la toxicologie mécanistique et réglementaire et la recherche in situ de biomarqueurs de pathologies.


Expertises et services :    
    
Analyse protéomique :
•    Préparation des échantillons : extraction, fractionnement, séparation et digestion
•    Analyse protéomique systématique,
•    Analyse protéomique différentielle sans marquage,
•    Phosphoprotéomique.


Imagerie par spectrométrie de masse MALDI :
•    Préparation des échantillons : cryocoupe et dépôt de matrice,
•    Analyse statistique différentielle,
•    Identification par protéomique top down,
•    Quantification in situ de petites molécules.

Moyens et équipements

 

Analyse protéomique :
•    Appareils de séparation de protéines et peptides sur gel SDS-PAGE ou par iso-électrofocalisation,
•    Equipement de chromatographie liquide HPLC (Dionex),

•    Spectromètres de masse nanoLC-MS/MS : OrbitrapXL (Thermo) et Tims TOF Pro (Bruker Daltonics),
•    Logiciels de recherche en base de données : Mascot (MatrixScience) et Peaks Studio (Bioinformatics Solutions),
•    Salle blanche pour limiter les contaminations à la kératine.

Imagerie par spectrométrie de masse MALDI :
•    Cryostat 3050S (Leica) pour la préparation de coupes de tissus congelés,
•    Vidéomicroscope BX51 (Olympus),
•    Automate de dépôt de matrice M5 Sprayer (HTX Imaging),
•    Spectromètres de masse : MALDI TOF/TOF UltrafleXtrem (Bruker Daltonics) et FT-ICR, Solarix XR (Bruker Daltonics),
•    Logiciel d’analyse d’image SCILS.

 

 

Comment soumettre un projet à la plateforme ?

L'accès à la plateforme Protim se fait selon deux modalités : la collaboration scientifique pour les projets utilisant des technologies de pointe qui nécessitent l'investissement des ingénieurs de la plateforme, et la prestation de service dans le cas d'analyses non valorisables par des publications ou communications scientifiques.

Quel que soit le projet que vous souhaitez soumettre, vous devez ouvrir un compte utilisateur sur le site internet de Protim, télécharger la fiche projet depuis votre espace personnel, la documenter et la renvoyer par mail à l’adresse proteomeatuniv-rennes1 [dot] fr. Une réunion avec le personnel de la plateforme sera ensuite organisée pour explorer en détail votre problématique et les questions biologiques posées. Ella permettra également à Protim de finaliser la stratégie et choisir les techniques nécessaires pour mener à bien votre projet. Cette réunion sera l'occasion pour vous de visiter la plateforme et de comprendre les contraintes liées à la réalisation des projets sur le site. Protim consacre généralement le mercredi matin (10h à 12h) aux réunions avec les porteurs de projets.

 

Certifications qualité

Certification 1 :    ISO9001

Certification 2 :    NF50-900

Nom du RMQ :    Emmanuelle Com